Pay it Forward

watch -n 1 nvidia-smi : nvidia-smi 명령어를 1초마다 update하여 지속적으로 출력. GPU의 종류, 개수 및 사용 여부, 점유율 등을 파악할 수 있음. ps -ef : 현재 실행되고 있는 모든 프로세스를 출력 -e: 본인 이외의 다른 사용자들이 실행한 프로세스를 모두 포함하여 출력 -f: 상세한 정보를 출력 UID (user ID): 프로세스를 실행시킨 소유자의 ID PID (process ID): 실행중인 프로세스 ID. 새로 프로세스를 돌리면 가장 마지막으로 실행한 프로세스 ID에 1을 더한 값으로 순차적으로 할당됨. PPID (parent process ID): 실행중인 프로세스의 부모 ID C (CPU usage) : CPU 사용량 (%) STIME (start ti..

VScode에 anaconda를 연동하여 사용하고자 할 때, 다음과 같은 error를 맞이할 수 있습니다. conda : 'conda' 용어가 cmdlet, 함수, 스크립트 파일 또는 실행할 수 있는 프로그램 이름으로 인식되지 않습니다. 이름이 정확한지 확인하고 경로가 포함된 경우 경로가 올바른지 검증한 다음 다시 시도하십시오. 원인으로는 크게 2가지가 있습니다. 1. conda 설치 경로에 한글이 포함된 경우. 2. Terminal을 powershell로 설정하여 실행한 경우. 그럼 각각에 대한 해결법을 살펴보겠습니다. 1. Conda 설치 경로에 한글이 포함된 경우 다음과 같이 window키를 누르고 anaconda를 검색하고, 파일이 설치된 경로를 열어 한글이 포함되어 있는지 확인합니다. 위와 같이..

메디컬 이미징을 다루다보면 raw 형식의 파일을 심심찮게 마주할 수 있습니다. 이 때, 아래와 같은 코드를 사용하여 raw 파일을 열고 plot 및 png형식으로 save할 수 있습니다. file = './raw_file.raw' img = np.fromfile(file,dtype='uint16', sep="") height = int(len(img)**0.5) width = int(len(img)**0.5) img = np.reshape(img, (height, width)) plt.imshow(img) plt.imsave('./raw2png.png', img) 주의해야 할 점은, 아래와 같이 raw file을 load하면 1차원의 배열로 받아지기 때문에 2차원의 이미지로 reshape해주어야 한다는 ..

Scatter Scatter는 compton scatter 현상으로 인하여 X-ray가 물질에 부딪혔을 때, 경로가 바뀌는 것을 의미합니다. 위 그림과 같이 X-ray는 직진성을 유지한 채 detector에 도달한 primary photon들과 물체에 부딪혀 경로가 바뀐 채 detector에 도달한 scattered photon이 모두 합쳐져서 이미징되게 됩니다. 따라서 scatter는 X-ray 이미지를 뿌옇게 만들고 contrast를 줄이는 작용을 하기 때문에 이를 억제하는 것은 대단히 중요합니다. scatter를 더욱 심하게 만드는 physics factor들은 무엇이 있으며 이를 억제하기 위해 사용되는 방식으로 무엇이 사용되는지 정리하였습니다. ** 이 게시글은 How Radiology works..

Python에서 image등을 load하여 값을 확인하고자 print할 때, 너무 많은 value를 띄우면 부하가 심하므로 아래와 같이 '...'로 값을 생략하여 보여주는 것을 확인할 수 있다. 이 때, 아래와 같은 코드를 통하여 출력값을 전부 print하도록 설정할 수 있다. np.set_printoptions(threshold=np.inf, linewidth=np.inf)

Pytorch를 사용하여 모델을 돌리던 중, augmentation으로써 RandomRotation을 사용하고, 이미지가 돌아갔을 때(rotate) 생기는 여백의 공간을 0으로 채우기 위하여 아래와 같이 코드를 작성하였다. from torchvision import transforms as transforms trans = transforms.RandomRotation(degrees=args.aug_degree, fill = (0,)) img_trans = trans(img) 그러나 다음과 같은 에러를 맞이하였다. UserWarning: Argument fill/fillcolor is not supported for Tensor input 알아본 결과 해결방법은 아래와 같다. Torchvision ver..

이번 게시글에서는 X-ray 이미징 과정을 전체적으로 살펴보고, 이미징 과정에서 어떤 issue가 발생하고, 이를 어떻게 해결하는지에 대해서 알아보겠습니다. 우선, X-ray는 다음과 같은 장점들을 갖기 때문에, 몸 내부의 병의 여부를 진단하기 위해 널리 사용되고 있습니다. 1. X-ray는 매우 짧은 scan time을 갖습니다. (약 0.1 sec) 2. X-ray는 비용이 저렴하고, 피폭량이 적습니다. (chest X-ray: 약 30mR. 이는 연간 자연적으로 받는 방사능의 1/10 크기) 병원에서 X-ray로 환자를 촬영한다고 가정하고, X-ray image가 어떻게 생성되는지 과정을 살펴보면 다음과 같습니다. 1. X-ray tube 혹은 X-ray source에서 X-ray를 생성합니다. 2..

이번 게시글에서는 지난 게시글에서 살펴본 작용으로 감쇠된 X-ray의 strength(=intensity)를 측정하는 방식에 대하여 알아보고, 이를 이용하여 어떻게 imaging을 할 수 있는지 살펴보겠습니다. X-ray imaging 지난게시글을 간단히 정리해보면, X-ray는 물체와 부딪히면, 일부는 흡수(absortion)되고, 일부는 산란(scattering)됩니다. 중요한 것은 이 때! 에너지가 줄어든다(attenuation)는 것인데요! X-ray가 부딪히는 물질에 따라 물질에 따라 attenuation정도가 다르다는 특징을 이용하여 imaging을 하게 됩니다. Imaging과정과 메커니즘은 다음과 같습니다. 1. X-ray source에서 X-ray를 발생시키고, 2. 발생한 X-ray가 ..