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Pay it Forward

[X-ray] HU: Hounsfield unit이란?

HU(Hounsfield unit) X-ray beam이 물체를 통과할 때, beam이 물체에 얼마나 흡수되는지를 나타낸다. 주로 사람의 몸에 대한 X-ray 영상을 취득할 때, 각 조직(tissue)의 밀도(density)를 표현하는 단위로 사용된다. X-ray beam이 많이 흡수될수록 (즉, density가 높을수록) HU값이 크고, 적게 흡수될수록 (즉, density가 낮을수록) HU값이 작다. HU를 구하는 공식은 다음과 같다. μ는 original linear attenuation coefficient를 의미하며 간단히 설명하면, X-ray beam이 특정 물질 1cm를 통과할 때 줄어드는 intensity를 나타내는 계수이다. 따라서 μ는 물질마다 고유한 값을 갖는다. (attenuatio..
Bio, Medical/X-ray & CT 2021. 7. 22. 12:45
[Pytorch] 특정 GPU 사용하기 / 여러개의 multi GPU parallel 하게 사용하기

Neural network를 train을 하다보면 성능을 비교하기 위해 loss function, optimizer 등이 상이한 여러 가지 model을 돌려볼 일이 수도 없이 많다. 이 때, 한 장의 GPU만 있다면 어쩔 수 없지만 여러장의 GPU가 존재한다면 A model은 GPU 0번에서, B model은 GPU 1번에서 동시에 두 개의 model을 돌려 빠르게 결과를 보고 싶을 것이다. 이를 위하여 각 model을 특정 GPU에서 돌리는 법을 알아보고자 한다. 추가적으로, network의 weight param이 크거나 input dataset의 크기가 커서 하나의 GPU memory로는 model을 돌리기에 부족하여 CUDA out of memory error가 뜨는 경우가 많다. 이를 해결하기 ..
Machine Learning/Pytorch 2021. 6. 3. 16:07
[Linux/ubuntu] linux/ubuntu 명령어 모음

$ source [환경설정 파일명] : 환경설정파일을 수정한 이후, 재부팅 및 재로그인을 하지 않고 수정내용 즉시 적용 e.g. source ~/.bashrc $ cp -r [복사할 파일경로] [붙여넣기할 파일경로] : 파일 복사 e.g. cp -r ./ ../ $ ls -l|wc -l : 현재 위치에 존재하는 파일 개수 반환 $ df -h : 전체 디스크 사용 용량 출력 $ du -sh 디렉토리명 : 특정 디렉토리의 용량을 보기 쉽게 출력
Tool/e.t.c 2021. 5. 18. 10:55
[Anaconda] Ubuntu에 Anaconda 설치하기

Ubuntu에 Anaconda를 설치하면 Jupyter notebook / Jupyter lab도 설치가 되므로 Anaconda를 설치함으로 모두 사용할 수 있다. [설치 방법] 1. Anaconda 공식 홈페이지(https://www.anaconda.com/products/individual)에 들어가서 Linux 의 64-Bit (x86) Installer의 link를 복사한다. 2. 터미널을 키고 home으로 이동한 후, 다음과 같이 명령어를 입력한다. cd ~#home directory로 이동 wget [복사한 link]#Anaconda 설치 e.g) wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh 설치하고나면 ho..
Tool/e.t.c 2021. 5. 14. 22:32
[X-ray] Dual Energy X-ray란? (DXA)

Dual Energy X-ray (DXA)란? Dual Energy X-ray 일명 DXA는 단어 그대로 2개의 각기 다른 에너지 준위를 갖는 X-ray images를 통해 soft-tissue only image 혹은 bone only image를 얻어내는 기법이다. 간단히 설명하면, Low energy를 갖는 X-ray beam을 통해 얻은 image, A와 High energy를 갖는 X-ray beam을 통해 얻은 image, B는 차이를 갖는다. 이러한 A와 B를 빼주게 되면 X-ray image에서 soft-tissue만 남기거나 bone만 남길 수 있다. Dual Energy X-ray 원리 X-ray imaging의 원리는 X-ray tube로부터 나온 광자(photon)가 이미징하고자 하..
Bio, Medical/X-ray & CT 2021. 4. 1. 14:45
[Error] Pytorch - transforms.RandomRotation : function takes exactly 1 argument (3 given) 에러 해결

Pytorch-torchvision의 transforms 라이브러리를 사용하여 Data augmentation을 진행하던 도중 마주친 에러. TypeError: function takes exactly 1 argument (3 given) Stack overflow에 따르면 torch와 Pillow version의 호환문제로 인해 발생한 것으로, 다음과 같이 fill = (0,) 을 RandomRotation 함수에 추가하여 해결할 수 있다. aug_methods = transforms.RandomRotation(30, expand=False, fill=(0,)) 아래는 코드 전문.
Machine Learning/Pytorch 2021. 3. 31. 12:45
[Git] 특정 브랜치(branch)만 clone하기

git clone -b [branch_name] --single-branch [repository URL] ex) git clone -b v.1.0.1 --single-branch https://github.com/artiiicy/UNet
Tool/Git 2021. 2. 17. 13:11
[평가지표] evaluation metrics for classification (정확도, 정밀도, 민감도, 회수율, F1 score, 특이도, PPV, NPV 등)

classification의 평가지표로서 굉장히 많은 값들이 존재한다. 흔히 알고 있는 평가지표로는 정확도가 있는데, 정확도만으로는 classification의 성능을 정확히 판단하기 힘들다. 이유를 간단히 예를 들면 다음과 같다. 더보기 시험출제자가 10문제의 ox문제를 출제한다고 했을 때, 9문제의 정답을 o로하고 단 한문제를 x로 출제하였다고 가정하자. 이 때, 우리가 어떤 문제에 대해서든 정답을 o로만 말하는 model을 만들었다고 한다면 올바른 model이 아님에도 불구하고 위의 문제를 풀었을 때, 정확도가 90% 달하게 된다. 따라서 정확도(accuracy)만을 평가지표로 삼는 것은 model 성능 평가로서 부적합하다. 따라서 정밀도(Precision), 회수율(Recall)등의 metric들..
Machine Learning/Study 2021. 2. 9. 22:34
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